C’est à la première de son dernier film, La Cocina, au Festival du film de Berlin, que l’actrice a dévoilé un baby-bump déjà bien arrondi sous la longue robe noire. Un peu plus tôt dans la journée, lors du photocall de ce drame réalisé par Alonso Ruizpalacios, Rooney, 38 ans, avait réussi à beaucoup mieux le dissimuler. Le papa de cet enfant est Joaquin Phoenix, 49 ans, son compagnon depuis de nombreuses années. Ils se sont croisés en 2012 sur le tournage de Her, de Spike Jonze, ce n’est que quatre ans plus tard, quand ils ont joué dans Marie Madeleine que leur relation, jusqu’à alors amicale, a évolué. Le couple fait sa première apparition en public en mai 2017 à l’occasion du festival de Cannes.
En juillet 2019, Us Weekly avait révélé qu’ils s’étaient fiancés. En septembre 2020, ils ont accueilli leur premier enfant, un petit garçon prénommé River. Un hommage au défunt frère de Joaquin, le comédien River Phoenix.